分子グラフ生成のための木分解変分オートエンコーダ

Junction Tree Variational Autoencoder for Molecular Graph Generation
Wengong Jtn, Regina Barzilay, Tommi Jaakola arXiv preprint arXiv:1802.04364

我々は特定の化学的性質に基づいた分子の自動設計を目指す.計算上で,このタスクは分子グラフの生成と連続埋め込みを行う.我々の主な業績は直接分子をグラフとして生成することである.既存研究ではグラフの代わりにSMILES文字列で生成する手法を用いていた.我々の木分解変分オートエンコーダは2段階で分子グラフを生成し,最初に化学物質上に木構造の足場となるグラフを生成する.そして,その時グラフメッセージパッシングネットワークを用いて,分子にそれらを結合させる.この手法により,化学的妥当性を維持しながら,段階的に分子を拡張する事が可能になった.我々のモデルは複数のタスクにより評価される.我々のモデルは既存研究に対して,すべてのタスクにおいて高い性能を上回る結果が得られた.